امروزه تقریبا تمامی جوجه کشی ها از روش واکسیناسیون اسپری به طور وسیعی جهت حجم زیادی از جوجه ها استفاده می کنند.  اگر چه کارایی این نوع از واکسیناسیون به واسطه بسیاری از شرایط همواره بهینه نیست. استفاده از جدیدترین روش های واکسیناسیون، تکنولوژی تجهیزات جدید به همراه تیم حرفه ای می توانند در بهینه نمودن واکسیناسیون موثر باشد.

روش واکسیناسیون در جوجه کشی ها برای واکسیناسیون حجم وسیعی از جوجه ها علیه بیماری های نیوکاسل و برونشیت عفونی استفاده می شود که به واسطه آن سیستم ایمنی در دستگاه تنفسی فوقانی و همچنین پاسخ ایمنی خونی را تحریک می کند. اساس تحریک سیستم ایمنی به واسطه حضور ذرات میکروسکوپی واکسن (با تمایل دستگاه تنفسی) در سینوس ها، غشای موکوسی نای و غدد هاردرین می باشد. این نوع تحریک سیستم ایمنی سبب بر انگیختن ایمونوگلوبولین های نوع A(IgA) و سلول ها می باشد.

علاوه بر آن، طراحی واکسن بیماری کوکسیدیوز به گونه ای است که از طریق اسپری و به واسطه قطرات درشت تر به منظور پوشش بیشتری از پرندگان صورت می گیرد. کارایی این واکسن ها زمانی افزایش می یابد که از مواد ژلاتینی برای انجام واکسن استفاده شود. نیاز به بیان نیست که هر نوع از واکسن ها نیاز به شرایط خاص خود(سایز قطرات، الگوی توزیع، اندام هدف و غیره) دارد. در صورتی که این شرایط برای واکسن ها مناسب نباشدبه طور قطع کارایی واکسن کاهش می یابد. به صورت اولیه سایز قطرات به واسطه نازل ها و فشار آن تعیین می شود. اگر چه این قطر قطرات واکسن به طور عموم با توجه به میزان فاصله جوجه تا دستگاه به واسطه تبخیر کمتر می شود.

قطرات کوچکتر، به قسمت های انتهایی دستگاه تنفس می روند و در نتیجه سبب تحریک قوی تر سیستم ایمنی می شود ولی اگر چه ریسک واکنش پس از واکسن، خصوصاً سویه های حاد (سویه واکسن های کمتر حدت یافته) را زیاد تر می نماید. سایز ذرات بیشتر از 3 میکرومتر عمدتاً در قسمت های فوقانی دستگاه تنفس قرار می گیرند و این در حالی است که این سایز برای واکسیناسیون اولیه با واکسن های بیماری نیوکاسل و برونشیت عفونی مناسب می باشد. سایز ذرات با قطر 1 میکرومتر می تواند به قسمت های عمقی تر دستگاه تنفس، برونش های اولیه و ریه ها، نفوذ نماید و در صورتی که سایز ذرات از 1/0 میکرومتر نیز کوچکتر باشد می تواند به کیسه های هوایی خلفی نیز نفوذ کند.

برای واکسیناسیون با تمایل دستگاه تنفسی، باید میزان کمی ذرات با سایز کوچک وجود داشته باشد زیرا که طی پروسه اسپری احتمال تبخیر وجود دارد و می تواند بانفوذ به قسمت های انتهایی دستگاه تنفس سبب واکنش های شدیدی شود. همچنین میزان حضور قطرات واکسن با سایز درشت نیز اجتناب گردد زیرا که یا مستقیماً به زمین می ریزند و یا نفوذ کافی را در دستگاه تنفس نخواهند داشت. به منظور انجام واکسیناسیون بهینه لازم است تا سایز ذرات در محل نازل های واکسن در حدود 150 تا 170 میکرومتر باشد تا ذرات معادل 3 میکرومتر را در سطح دستگاه تنفس پرنده  با فاصله 20 سانتی متری از سطح جوجه ها، اسپری نماید.

ترکیبی از تجهیزات مناسب واکسیناسیون همراه با کنترل کیفی بر روی تجهیزات و همچنین انتخاب بهترین سویه واکسن برای دستیابی به واکسیناسیون بهینه و ایمنی خوب برای جوجه ها ضروری می باشد.